本发明公开了一种含羟基红花黄色素A自微乳制剂的制备方法。该制备方法包括如下步骤：(1)将吐温80与二乙二醇乙醚按照质量比为0.9 : 1～1.1 : 1混合，将该混合乳化剂按照质量比85 : 15～88 : 12与油酸乙酯混合，得到空白自微乳浓缩液；(2)将羟基红花黄色素A磷脂复合物以含量100～120mg/g加入至步骤(1)的空白自微乳浓缩液中，涡旋使其充分溶解，并恒温水浴下震荡平衡一定时间。本发明的含羟基红花黄色素A自微乳制剂的制备方法简单、成本低；本发明通过羟基红花黄色素A与磷脂形成复合物，能够有效提高羟基红花黄色素A的稳定性和脂溶性；利用自微乳体系包载羟基红花黄色素A，促进了药物的口服吸收，大大提高了羟基红花黄色素A的生物利用度。