本发明公开一种环境友好型养殖系统，包括禽畜养殖区、蚯蚓养殖区、水产养殖区、植物种植区和废污发酵区，禽畜养殖区产生的排泄废污与植物种植区产生的农作废料为废污发酵区提供发酵原料，废污发酵区产生的发酵产物为蚯蚓养殖区、植物种植区和水产养殖区提供营养原料；植物种植区包括与水产养殖区套养的第一植物单元和为禽畜养殖区提供用作疾病治疗和/或疫病防治的医药原料和植物性饲料的第二植物单元；蚯蚓养殖区的养殖产物为水产养殖区提供动物性饲料。本发明提供的技术方案中，通过建立禽畜养殖区、废污发酵区、蚯蚓养殖区、水产养殖区以及植物种植区之间的生态链接，使产生的养殖废弃物经过发酵处理后被资源化利用，有利于节能环保。