本发明属于工程菌株领域，具体提供了平板霉素和平板素的高产工程菌株及其发酵和分离纯化工艺。本发明获得了三株能高产平板霉素和平板素的工程菌株普拉特链霉菌SB12026、SB12027和SB12028；然后，建立了平板霉素和平板素的发酵生产工艺；进一步，我们建立了不依赖于高效液相色谱分离的平板霉素和平板素的分离提纯工艺。本发明的菌株产量明显高于现有菌株。本发明的分离提纯工艺可以分别得到纯度在95.0%以上的平板霉素和平板素。