本发明公开的应用于冷链运输的存储温度自动控制系统，系统包括测温标签、数据终端和设置有数据库的上位机，数据终端与测温标签和上位机之间均通过NFC无线通信技术实现数据交互，测温标签用于实时监测冷链运输物品保藏温度值并将温度值传送至数据终端，数据终端用于接收所述温度值，并对温度值处理，上位机对所有温度值处理和评估，并为评估提供数据支持；测温标签包括测温模块、第一控制处理模块和第一通信模块；数据终端包括第二通信模块和第二控制处理模块，第二通信模块与第一通信模块之间进行数据交互；本发明实现了冷链运输全程的实时温度监测、报警、记录、位置实时信息和数据存储、查询，保障全程运输中的安全管理监控。