本发明提供了一种制药用水多腔过滤器，属于医疗设备技术领域，包括上腔室、下腔室、流量控制阀、砂砾过滤层、细砂过滤层、粗砂过滤层、无烟煤过滤层和网孔过滤层，上腔室下端设置下腔室，上腔室和下腔室之间设置流量控制阀，上腔室内部设置砂砾过滤层，砂砾过滤层右端从左向右依次设置细砂过滤层、粗砂过滤层、无烟煤过滤层和网孔过滤层；本发明结构合理，操作简单，采用多过滤层进行过滤，过滤效果更好，可直接整体拉出过滤层，更换内部滤料，节省更换时间，降低人工成本；两种腔室配合，增强过滤性能，上腔室设有生物液进口，注入生物液进行生物混合吸附杂质，下腔室设有消毒液进口，注入消毒液进行混合消毒；多重过滤效果更好。