本发明提供了一种黄芩素在制备防治伊立替康诱导的化疗性肠炎药物中的应用，属于生物医药技术领域。在本发明中，所述黄芩素能够降低小肠和结肠中炎症因子IL‑1β、IL‑6和TNF‑α的水平，减轻药物对肠道的损伤，保护肠道粘膜，从而能够有效预防和治疗伊立替康诱导的化疗性肠炎。