本发明提供一种HEK293 gDNA残留量的检测方法，包括样品前处理和HEK293 gDNA残留量的定量PCR检测，所述样品前处理为基于磁珠的样品前处理方法，包括细胞裂解液和蛋白酶K对样品进行消化处理，加入异丙醇和磁珠对核酸进行抽提富集，洗涤两次以去除蛋白及其它污染，将核酸从磁珠上洗脱；所述HEK293 gDNA残留量的定量PCR检测方法是以HEK293 gDNA作为模板，利用设计出的针对HEK293 gDNA具有特异性的引物和探针进行定量检测，所述定量PCR为基于Taqman探针的实时荧光定量PCR技术，本发明具有高效、快速、准确、特异性强的优点。