本发明提供了一种微生物含量检测方法及应用，涉及微生物含量检测技术领域，检测方法包括如下步骤：首先利用生物热力学和生物动力学的关系构建微生物检出时间和微生物浓度的标准曲线；然后再测定未知浓度微生物溶液的微生物检出时间，根据微生物的检出时间，计算得到未知浓度微生物溶液中的微生物含量，改善现有平板菌落计数法检查周期长，操作繁琐，无法快速得到检测结果的技术问题，本发明提供的微生物含量检测方法，工艺简单，操作方便，检测周期短，精度高，在15h内即可检测出微生物含量，能够提高检查效率，节约时间和成本，为后续实时、在线、快速检测提供了重要支撑，也为食品和/或药品中微生物含量检测提供了一种新途径。