本发明涉及一种大黄茎发酵饮料的制备方法，首先选取新鲜唐古特大黄茎，去掉根部和叶子后保留茎秆，将茎秆洗净后切成茎段，然后将茎段放入护色溶液中浸泡后取出，水洗干净后，加入水进行破碎打浆，将浆液粗滤后过滤、离心，得到大黄清汁；往大黄清汁中加入乳酸菌进行发酵，得到发酵后的大黄汁；往发酵后的大黄汁中加入蜂蜜、甘草提取液、稳定剂和水，混合均匀后加热至50～60℃，然后高压均质，即得。本发明对唐古特大黄地上部分茎进行了合理开发利用，通过对新鲜大黄茎使用益生菌共发酵，配伍甘草、蜂蜜，研制成一种具有清热去火的特色饮品，饮品口感酸甜，特色显著，并且减少了污染与浪费，制作的大黄茎发酵饮料成本低，操作简便。