本发明公开了一种基于疏水柱的乌司他丁纯化方法，具体步骤如下：S1 : 将乌司他丁粗制品和纯净水一起溶解在烧杯中，接着往烧杯中加入适量的盐类，并控制烧杯中溶液的酸碱度pH 5‑6之间，放在磁力搅拌器上均匀搅拌60min‑150min，并用滤网进行过滤，得到沉淀物，备用。S2 : 把疏水柱清洗并烘干，固定在操作台上，取S1步骤中制备的沉淀物溶解于1‑2倍的去离子水中混合均匀后，依次在疏水柱的上端均匀加入后反应1‑2h，接着，加入1‑2mol/L的盐类缓冲液进行清洗。本发明经过测试后发现收率平均在82％以上，纯化后的乌司他丁纯度高达99.90％以上，比活力至少为5100U/mg蛋白，以及形状为无色液体，均达到国家的标准要求，纯化工艺简单可行，值得大力推广。