本发明揭示一种用於在一药物处理系统中处理药物产品的方法，该方法包括以下步骤：提供固持在至少一第一容器巢套内的复数个药物容器；将在该药物处理系统中的一第一受控的环境封闭体系与一外部环境隔离；在该药物处理系统的该第一受控的环境封闭体系中建立一受控的环境条件；在位於该药物处理系统的该第一受控的环境封闭体系内的一装填站将该药物产品装填在该第一容器巢套内的该复数个药物容器的至少一部分中；以及将装在该第一容器巢套内的该复数个药物容器的至少一部分中的该药物产品冻乾