本发明公开了同时表达ETX‑CSA的重组菌及相关疫苗的生产方法。本发明重组菌的构建方法包括：将融合蛋白ETX‑CSA的编码基因导入大肠杆菌，得到表达融合蛋白的重组菌；连接肽的氨基酸序列为SEQ ID No.1的第297‑311位。本发明方法仅发酵一株菌即可同时获得两种毒素蛋白，将其制苗后可同时预防两种疾病。将其与C型产气荚膜梭菌类毒素制成联苗后能产生优异的免疫效果，三组分(S、C、D)的家兔血清效价分别可提高至规程标准的3、4、10倍。本发明方法稳定性好、耗时短、成本低，其中S、D组分的成本降为传统工艺的1/100，三组分(S、C、D)的效价成本比可分别提高为传统工艺的344、4、993倍。