本发明公开一种用药物物质无菌地装填在药物容器中然后将其冻干的系统和方法。在一般态样中，该系统和方法可以采用冻干器装载器子系统，其具有通过具有可密封门的入口与冻干器子系统的内部腔室连通的内部腔室，其中共同内部是无菌密封的。可以采用关节式机械手臂批次地转移到承载有药物容器的冻干器子系统容器巢套中。在一个实施例中，巢套可以连续地转移到装载子系统，其中关节式机器手臂被配置成将容器的巢套批次地转移到冻干器子系统。关节式机器手臂还可以配置成用于在冻干器子系统内移动批次的巢套。一种实施方式包括两个关节式手臂和由两个旋转肩部驱动的关节旋转腕部。