本发明涉及一种利用海洋真菌大规模制备色氨酸‑丙氨酸环二肽的方法，所述海洋真菌的菌种保藏信息：保藏单位名称：中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心；保藏单位地址：北京市朝阳区北辰西路1号院3号，中国科学院微生物研究所；保藏日期：2017年12月27日；保藏编号：CGMCC No.15097；分类命名：散囊菌Eurotium sp.。本发明每升发酵液中可分离得到L‑色氨酸‑L‑丙氨酸环二肽纯品大于100mg，可有效解决L‑色氨酸‑L‑丙氨酸环二肽的来源问题，为含有吲哚及二酮哌嗪结构天然产物及医药中间体的合成提供充足的原料。