本发明主要提供了一种在酵母中高效表达抗菌肽的方法。本发明所提供的方法包括将抗菌肽与一种红色荧光蛋白进行融合表达，在重组酵母中可以通过肉眼可见的颜色深浅判断菌株中抗菌肽产量的高低，以此快速筛选出高表达抗菌肽并具强抑菌活性的工程菌株。本发明还提供了一种具抑菌活性的重组融合蛋白和工程重组菌，所述重组蛋白和重组菌可直接应用于工业或饲料行业。