本发明公开了一种处理高盐高COD的医药中间体化工废水的处理系统。该高盐高COD医药中间体化工废水处理系统主要包括：调节池、气浮机、一级纤维过滤器、一号中间池、一级微电解‑芬顿系统、一号沉淀池、综合调节池、生化系统、二级纤维过滤器、二号中间池、二级微电解‑芬顿系统、二号沉淀池、排放池，一号沉淀池和二号沉淀池与污泥池联接，污泥池与污泥干化设备联接，干化后的污泥再经过炭化设备处理，使其资源化。本系统成本低，处理效果稳定，抗冲击负荷能力强。本发明还还公开了一种处理高盐高COD的医药中间体化工废水的处理方法。