发明提供了一种用于废水处理的藻基生态抑菌方法，包括如下步骤：(1)配制培养液：以废水为培养液；(2)分装培养液：将培养液分装到每个栽培容器中；(3)作物定植：在栽培容器中种植作物；(4)接种绿藻：将绿藻以0.125g/L的浓度接种到培养液中；(5)在光照180μmol m‑2s‑1，平均温度为28.3℃，相对湿度36.7–85.2％的条件下进行培养。通过本方法处理的废水完全达到排放标准，而且生产的作物产量高、品质优，并可以额外获得可观产量的微藻，而微藻可作为生物能源和生物医药的重要原材料，具有重要的社会经济价值。