本发明涉及一种形貌可控的羟基磷灰石纳米结构、其制备方法及应用，属于无机合成材料技术领域。其制备包括以下步骤：原料五氧化二磷分散液滴加到与可溶性钙盐水溶液中，所用分散液为醇、醚、酮、DMF等有机溶剂；五氧化二磷与可溶性钙盐在溶液中形成羟基磷灰石前驱体；利用反应介质的pH值来调控羟基磷灰石前驱体纳米结构；对前驱体进行水热处理。采用上述方案，本发明可以得到形貌可控的羟基磷灰石纳米结构，所得产品可应用在土壤修复、水处理、生物医药等领域。