本发明公开了一种原料药自动进出料机构的在线灭菌系统，包括：隔离器舱体；设置在隔离器舱体内的吸料枪；第一端与吸料枪相连，第二端伸出隔离器舱体的粉体管路；位于隔离器舱体外部，且与粉体管路外露于隔离器舱体的部位连通的第二接口、第三接口和第四接口，第二接口用于供高温压缩空气输入；第三接口用于与在线清洗管路相连；第四接口用于与在线灭菌管路相连；靠近隔离器舱体的底部设置，且能够上下移动以与吸料枪对接或脱离的托盘机构；与托盘机构相连，并与隔离器舱体的外部连通的排放管路。该在线灭菌系统大大降低了原料药自动基础料机构被污染的风险，保证了灭菌效果，并提高了灭菌效率。本发明还公开了一种在线灭菌方法。