本发明涉及一种治疗灰指甲的自乳化乳剂及其制备方法，其由水相、油相组成。所述水相中含有苦参提取物、凤仙花速溶粉和啤酒酵母、水杨酸、溴苄烷铵，所述油相中含有黄柏提取物、土荆皮提取物、白藓皮提取物、大风子油和桉叶油。本发明乳剂在不添加任何乳化或表面活性剂前提下，通过自乳化形成高稳定性、高透甲吸收率的乳剂，通过组分多靶点协同显著提高抗菌谱和抗菌活性，在治疗灰指甲的同时，促进新指甲(趾)生长。