本发明公开了二盐酸小檗胺在制备埃博拉病毒抑制剂中的应用。本发明以埃博拉病毒激活态的包膜糖蛋白(EBOV‑GPcl)为靶点，通过基于结构的虚拟筛选得到具有与EBOV‑GPcl结合能力的抗病毒的活性化合物，该化合物为二盐酸小檗胺。二盐酸小檗胺能够通过与靶蛋白EBOV‑GPcl结合从而特异性抑制埃博拉重组病毒的进入，达到抗埃博拉病毒感染的效应。二盐酸小檗胺抗EBOV的半最大效应浓度(EC50)为0.49μM，说明二盐酸小檗胺对EBOV具有较强的抑制作用。