本发明公开了一种肽钙螯合物的制备方法和应用，原料经低温超微粉碎处理可提高反应固液比和原料利用率，采用二段酶解技术提高原料中蛋白利用率和呈味肽类的溶出，利用脱腥脱色除杂技术改善产品稳定性和风味，利用鱼骨水解和螯合技术自体转化钙质提高其的生物利用度，通过浓缩和喷干技术有效降低产品储运成本。本发明可实现鱼类加工副产物的高值化开发、提高产品营养价值、拓展应用领域。