本发明公开了一系列新型氨基糖苷类化合物的制备与应用及其高产工程菌的构建方法，属于生物医药领域。这些新型氨基糖苷类化合物包括：GK‑A、GK‑X2、GK‑418、GK‑JI‑20B、GK‑JI‑20A、GK‑C1、GK‑C1a、GK‑C2a、GK‑C2、GK‑C2b。失活或缺失genM2基因且能异源表达kanE基因的庆大霉素产生菌能够产生这些化合物，在该菌株的基础上进一步失活或缺失相关基因能够使GK‑A、GK‑X2、GK‑418、GK‑JI‑20B、GK‑C1a、GK‑C2b等的产量大幅度提高。本发明的新型氨基糖苷类化合物具有良好的抗菌效果，为抗生素耐药性问题提供了新的解决手段。