本实用新型提供一种带有样品管的核酸测序芯片包括：芯片本体和样品管，芯片本体具有进样孔和出样孔，芯片本体具有样品管容纳腔，位于进样孔的下方，与进样孔相连通，芯片本体内部具有反应通道，一端与出样孔连通，另一端与样品管容纳腔连通，样品管与样品管容纳腔旋转密封连接，样品管上具有第一连通孔阵列和第二连通孔阵列，第一通孔阵列中具有多个第一通孔，第一通孔的数量和位置与进样孔相匹配，第二连通孔阵列具有多个第二通孔，第二通孔的数量和位置与反应通道的数量和位置相匹配。本实用新型的带有样品管的核酸测序芯片，由于在芯片内具有样品管，因此可以免去测序仪器清洗的步骤，节约了时间，提高了测序效率。