本发明涉及果树医药领域，具体涉及一种防治苹果树腐烂病的药物及其制备方法，所述药物包括主剂和辅料，所述主剂包括从苹果树中分离得到的有病原拮抗作用的内生菌发酵液及芸苔素内酯，辅料包括蜂蜡、食用油和吐温20。制备时，称取蜂蜡在恒温磁力搅拌器上进行磁力搅拌，待蜂蜡彻底溶化后加入食用油继续磁力搅拌；充分混匀后缓慢加入主剂继续搅拌，缓慢加入吐温20充分混合均匀后停止加热，边搅拌边冷却，随着温度降低，不断提高转速，制得成品药物。本发明药物对苹果腐烂病原菌具有较强的抑制作用、伤口组织可快速愈合，且成本低、可操作性强。