本发明属于食品添加剂微胶囊乳化包埋技术领域，具体涉及一种辣椒红色素微胶囊及其制备方法与应用。所述的辣椒红色素微胶囊，包含如下组分：水溶性壁材、乳化剂、辣椒红色素、油溶溶剂、填充剂、酸度调节剂、水溶抗氧化剂和油溶抗氧化剂，其中，水溶抗氧化剂和油溶抗氧化剂的总含量为辣椒红色素微胶囊总质量的0.1～1.55％。本发明提供的辣椒红色素微胶囊各组分科学配比，包含囊材相和芯材相，其中，囊材相包含水溶性壁材、填充剂、酸度调节剂和水溶性抗氧化剂等，芯材相包含辣椒红色素、油溶溶剂和油溶性抗氧化剂，该辣椒红色素微胶囊稳定性高、水溶性好，在酸性条件下应用效果更好，且其工艺简单，易操作，成本低，适于工业化生产。