本发明涉及集对分析在疾病的代表方剂用药规律研究中的应用，所述应用包括以下步骤：步骤S1、选择疾病名称，筛选出文献中报导的治疗该疾病的代表方剂；步骤S2、四元联系数法：步骤S1中所筛选的代表方剂的临床疗效“治愈”、“显效”、“好转”、“无效”用集对分析中的4元联系数μ＝a+bi+cj+dk表示；步骤S3、与完美疗效的距离计算：计算每一首方剂的疗效4元联系数μt＝at+bti+ctj+dtk与理想的完美疗效4元联系数μ＝1+0i+0j+0k的距离；步骤S4、找用药规律：考察所有代表方剂中系统疗效排在前3位的用药规律，按用药频次聚类；步骤S5、作对比讨论。其优点表现在：探讨不同辨证论治方剂中的一般用药规律，同时通过总有效率的计算对所有代表方剂的疗效进行优劣排序，以提高临床疗效。