本发明提供了一种共表达周期昼夜节律的转录组学发掘药物作用机制的方法，该方法通过分析深度测序昼夜时间序列转录组数据，结合生物信息学、共表达分析、机器学习和数据可视化技术成功的鉴定出药物作用的分子机制；利用mRNA表达数据构建mRNA表达网络并划分模块，利用超几何分布对各模块进行GO和KEGG的功能富集分析，提取克服自身周期节律的模块作为相应药物处理相关生物表型改变的内在分子机制的主要解释，综合药物处理后表型变化和功能分析，利用数据可视化全面解释和评估药物对相应生物表象的生理功能的分子机制。本发明还提供了该方法在寻找冠菌素抑制生长促进防御的作用机制及发掘农药、医药、兽药、水产用药作用机制及其毒副作用机制中的用途。