本发明公开了一种含蛋白质类中药的专属性肽段的鉴别方法，本发明通过大量实验筛选，首先取样品采用优选的酶进行酶解，然后进行脱盐处理，然后采用最佳的Nano LC‑MS/MS方法进行高通量鉴定肽段序列，比对不同样品不同物种间同源蛋白序列差异验证专属性肽段，最后采用优选的LC‑QQQ MS分析验证正品中专属性肽段的专属性。整个方法科学性强，操作方便，可用于鉴别中药动物药、食品、水产品的正品和伪品，具有重要的应用价值。