本发明公开了一种复合微生物制品高效表达的方法，其制备方法包括以下步骤：S1、纳豆制作：取适量纳豆杆菌菌种液体振荡培养，然后放入冰箱冷藏备用，选取颗粒饱满、蛋白质含量高的大豆，用大豆5倍的水量浸泡二十四小时(室温18度)，沥水，然后加入5%的食盐和2%蔗糖，于高压锅内(121度)蒸煮30‑45分钟，冷却至50度以下。该复合微生物制品高效表达的方法及其用途，运用微生物发酵工程技术构建高效表达质粒，优化工程菌发酵条件实现纳豆激酶的低成本、高活性、高产量生产，该纳豆激酶粉末的酶活力为400万U/g‑600万U/g，1克大豆可发酵出纳豆激酶2000IU，较市面上传统的生产方法，产量可提高40%‑50%。