本发明涉及天然植物活性成分提取分离技术领域，具体涉及一种顺反异构西红花酸的分离方法。西红花酸(crocetin)属类胡萝卜素类化合物，具有很强的抗氧化活性、保护心血管、抑制皮肤癌[1]等作用，在医药、护肤品具有潜在的应用价值。西红花酸及其糖苷主要存在于栀子果和西红花。栀子果价值低廉来源丰富，可为西红花酸提供丰富的原料来源，但存在顺反异构体，本发明提供了一种顺反异构西红花酸的分离方法，该方法利用顺反异构西红花酸与钙离子的结合能力不同，全反式西红花酸易与Ca2+离子形成规整的分子复合物，即易发生结晶(沉淀)，而顺式西红花酸由于不能与Ca2+形成规整的分子复合物，即不易与Ca2+形成沉淀，据此可将两者有效分离。