本发明公开了一种酸鲊肉的纯种发酵制备方法，属于食品加工领域。本发明的制备方法通过肉制品原料准备、菌种悬液的制备、前期发酵以及后期发酵的操作步骤制备得到酸鲊肉。与传统酸鲊肉的发酵制备方法相比本发明经过Box‑Behnken设计试验优化的制备方法能够将酸鲊肉的发酵周期由原来的35d缩短至25d；同时将制备得到的酸鲊肉中有害物质亚硝酸盐的含量由传统发酵时的80mg/Kg降低至30mg/Kg，组胺含量由传统发酵时的24.78mg/Kg降低至11.45mg/Kg，由大肠菌群传统发酵时的3.6MPN/g降低至3.0MPN/g以下，从而提高制备得到的酸鲊肉的品质，达到增强公共卫生的目的。