本发明属于碳酸钙制备技术领域，提出的医药发酵碳酸钙的制备方法，包括以下步骤：消化：原料石灰石加入水进行消化；一次陈化：消化后的浆液进行一次陈化，直至浆液中氧化钙全部分解；一次碳化：浆液进行一次碳化；二次陈化：一次碳化停止后，浆液进行二次陈化；二次碳化：陈化完成后，浆液加入蔗糖，开始二次碳化，期间加入稀磷酸再碳化10分钟；一次碳化步骤中一次碳化在浆液的PH值达到8.0～9.0时停止；二次碳化步骤中稀磷酸在浆液的PH值达到7.5时加入；二次碳化步骤中蔗糖的添加量为石灰石总重量的0.1％～0.5％。本发明采用构思巧妙，解决了现有技术中生产低游离碱含量的医药发酵碳酸钙难度大，且游离碱含量不稳定的技术问题。