本发明公开了一种IDH1/2基因突变检测体系及其试剂盒，包括引物、探针和扩增阻断引物，引物包括质控正向引物、检测正向引物和通用反向引物；所述检测正向引物包括针对IDH1基因C394T突变位点的检测正向引物、针对IDH1基因G395A突变位点的检测正向引物、针对IDH2基因G419A突变位点的检测正向引物、针对IDH2基因G515A突变位点的检测正向引物；探针序列的5’端设有一种荧光标记，所述探针的核苷酸序列的3’端设有另一种荧光标记；扩增阻断引物的核苷酸序列的3’端设有磷酸化修饰。本发明的IDH1/2基因突变检测体系及其试剂盒，可对IDH1基因的C394T/G395A突变位点和IDH2基因的G419A/G515A突变位点进行检测，灵敏度高、特异性强、快捷方便。