本发明属于生物医药技术领域，涉及共价疏水修饰的聚乙烯亚胺及其制备方法和应用。本发明对转染试剂聚乙烯亚胺进行疏水性共价修饰，改变该阳离子聚合物的部分理化性质，制得共价疏水修饰的聚乙烯亚胺；该共价疏水修饰的聚乙烯亚胺具有式(Ⅰ)的结构。经测试结果表明，所述共价疏水修饰的聚乙烯亚胺对核酸的转染效率较未修饰的聚乙烯亚胺明显提高；其可制备转染试剂，用于动物或者人体水平的转基因动物或者基因治疗，或用于细胞水平的核酸转染。(Ⅰ)。