本实用新型公开了一种在线过滤除菌的液体灌装机，所述液体灌装机的输入口与储液罐的输出口连接，所述液体灌装机与储液罐之间设有多个并联设置的过滤除菌罐，所述储液罐的输出口通过输料管道同时与多个过滤除菌罐的输入口连接，所述液体灌装机的输入口通过输料管道同时与多个过滤除菌罐的输出口连接。通过在液体灌装机与储液罐之间设有多个并联设置的过滤除菌罐，从而对即将灌装的液体采取在线过滤除菌的方法，显著提高了液体制剂微生物污染风险控制水平，减少空气中的细菌进入液体中的概率，且通过将过滤除菌罐并联设置，从而能够保证灌装线的正常工作，并及时切换另一个除菌过滤器使用即可。