本发明公开了一种磁性聚酰亚胺复合材料及其制备方法和应用，其制备方法是在DMSO溶剂中，将氨基修饰的Fe3O4、三聚氰胺与均苯四甲酸二酐在高温回流的情况下发生聚合反应，经洗涤和干燥后即可制得磁性聚酰亚胺复合材料。采用本方法合成的磁性聚酰亚胺复合材料具有分散性良好、比表面积大、核壳结构稳定，合成方法简便、成本低、可以重复回收利用等优点。键合到四氧化三铁上的共价聚酰亚胺材料能提供π‑π作用、疏水作用、氢键作用、弱阳离子交换作用等多种作用力，所以该材料对一些含有芳香共轭体系、碱性化合物具有较强的吸附作用。