本发明属于生物检测技术领域，涉及一种测定小分子生物标志物的方法。具体而言，该方法包括：1)样品预处理；2)色谱分离；3)质谱检测；和4)计算。本发明中的方法具有样品前处理步骤简便、分析速度快、专属性好、精密度及准确度高等优点，不仅适用于血清样本，而且适用于干血片样本，便于采样，易于运输和保存，采血者顺应性好。另外，在样品前处理步骤中，还原剂的引入使得样品中的结合态同型半胱氨酸及同型半胱氨酸二聚体能够解离为游离态单体，更准确地测定样品中同型半胱氨酸含量。