本发明属于生物与新医药中轻工和化工生物技术的天然产物有效成份的分离提取技术，涉及天然活性成分提取及应用领域，具体为提供一种天然紫甘薯色素的染色方法。本发明首先利用热水作为萃取溶剂联合闪式提取法从紫甘薯微粉中提取紫甘薯色素；然后采用膜滤法以及双水相浮选纯化技术制备得到纺织染色用的天然紫甘薯色素；最后将天然紫甘薯色素、抗血酸钠、柠檬酸、维生素B混合制备成染色溶液并对织物进行染色，待染色结束后将织物用水洗以及皂洗后干燥得天然紫甘薯色素染色织物。本发明提供的紫甘薯色素染色方法制得的面料牢度高，不含人工色素，安全性强。