本发明公开了一种高含盐量和高COD制药废水的综合处理工艺，包括如下步骤：将高含盐量和高COD制药废水采用三效蒸发器进行三效蒸馏预处理后，所得盐分回收利用或进行焚烧处理，所得水体进行铁碳微电解反应，铁碳微电解反应后所得水体进行芬顿氧化反应，芬顿氧化反应后所得水体进行絮凝沉淀，絮凝沉淀后所得水体进行厌氧处理，厌氧处理后所得水体进行好氧处理，好氧处理后所得水体进行最后絮凝沉淀，达标排放；本发明可解决盐分含量高达15%以上，COD浓度高达100000～400000mg/L的制药废水中处理效率低和苛刻的问题，高效、节能、避免二次污染，将高含盐量直接去除，减少固废的产生，并将高含盐量、高COD医药合成废水的出水进行处理达标排放。