本发明公开了一种肠道微生态调节剂及其应用，所述肠道微生态调节剂中包含冠突散囊菌和/或冠突散囊菌的孢子。该调节剂能够同时调节肠道细菌和真菌，通过相互作用增加细菌菌群中短链脂肪酸产生菌，进而增加肠道短链脂肪酸，能够调节由高脂饮食引起的微生态紊乱。