本发明涉及生物医药技术领域，提供了一种抗海蛇神经毒素的纳米抗体、制备方法及应用，该抗海蛇神经毒素的纳米抗体为VHH抗体，具有SEQ ID NO.1所示的氨基酸序列，编码该纳米抗体的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，通过亲和力分析本发明的纳米抗体具有良好的亲和力，通过小动物实验证明，预先注射本发明纳米抗体的抗体保护组小鼠在注射海蛇神经毒素SN36后，无任何小鼠出现神经中毒症状，连续观察一个月无毒素致死情况，说明本发明的纳米抗体具有优良的抗海蛇毒素的作用，对海蛇咬伤具有优良的预防或治疗作用，具备广阔的临床应用前景。