本发明公开了一种原料药出料装置及其灭菌方法，该原料药出料装置包括：用于与冻干机密封连接的密闭隔离器；设置在所述密闭隔离器内的吸料枪；用于驱动所述吸料枪进出所述冻干机的吸料驱动机构；第一端与所述吸料枪连通的吸料管路，所述吸料管路的第二端伸出所述密闭隔离器且用于与原料药处理设备连通。上述原料药出料装置利用密闭隔离器内的吸料枪进行吸料，通过吸料管路将吸料枪吸出的原料药引至密闭隔离器的外部以及将原料药送至原料药处理设备，实现了在密闭环境中自动出料，减小了原料药被污染的几率，降低了原料药对人体健康的影响。