本发明涉及一种猪口蹄疫O型基因工程复合表位蛋白疫苗的工业化生产方法，按照先后顺序包括以下步骤：(1)工程菌发酵与诱导表达；(2)菌体收集与破碎；(3)包涵体洗涤与变性溶解；(4)蛋白纯化；(5)纯化蛋白复性；(6)疫苗乳化。本发明的有益效果为：产品质量方面：疫苗无菌，目的蛋白纯度达95％以上，有效抗原含量在1.0mg/mL以上，间接血凝抑制效价在1：211以上，内毒素在31.25EU/mL以下，生产成本和效率上：所用人员更少、消耗试剂量更少、生产周期更短。