本发明属于生物医药复合材料领域，具体公开了一种纳米氧化锌/壳聚糖复合微球及其制备方法和应用。本发明采用喷雾干燥法，纳米氧化锌悬浊液和壳聚糖醋酸溶液分别从两个进料口吸入，减少了氧化锌与酸性液体的接触时间避免氧化锌被酸解，同时还能使氧化锌均匀地分散在壳聚糖基体中。本发明制得的纳米氧化锌/壳聚糖复合粉末，粒径在1～20μm之间，在1mg/mL浓度下，对大肠杆菌和金黄色葡萄球菌的抑菌率达到85％以上；当氧化锌用量为壳聚糖的8wt％，在浓度低于100mg/mL时NIH‑3T3细胞24h存活率高于90％。