本发明属于生物医药领域，具体涉及一种用于治疗和/或预防心肌缺血再灌注损伤的药物组合物及其制备方法。所述药物组合物为包载重组APN蛋白的壳聚糖纳米颗粒。本发明药物组合物为重组APN蛋白与壳聚糖制备得到的纳米颗粒，其包封率可达81.9％；纳米颗粒形态为类球体，粒径小于700nm，集中于100～500nm间。本发明药物组合物可改善心肌缺血再灌注损伤大鼠的左室收缩和舒张功能，并抑制心肌线粒体自噬。