本发明公开了一种用于合成孕二烯酮的中间体及其制备方法和应用。所述的中间体具有如下化学结构通式：通式中的取代基R选自如下基团：其中：R1为C1～C3的直链烷烃，R2为C4～C6的直链烷烃。该中间体的制备是通过二元醇对13β‑乙基‑15α‑乙酰氧基‑甾烷‑4‑烯‑3, 17‑二酮进行3位羰基的选择性保护反应得到。应用所述的中间体合成孕二烯酮的方法，包括如下反应路线：通过本发明提供的中间体，不仅可提高孕二烯酮的质量，而且可降低孕二烯酮的生产成本，且反应条件温和，原料选择性较多且灵活，各原料和试剂简单易得，易于满足规模化生产要求。