本发明公开了一种来源于海洋细菌的褐藻胶裂解酶(Alg509)及其基因。同时还公开了重组表达和制备该褐藻胶裂解酶的方法，即将alg509基因克隆到大肠杆菌表达载体上，并将该载体转化大肠杆菌宿主菌，获得可异源表达该酶的重组工程菌株。本发明公开的褐藻胶裂解酶Alg509酶活高，比酶活可达48000U/mg以上，其最适反应pH为10，最适反应温度为55℃，且酶活对各种金属离子没有依赖性。该酶对海藻酸钠、多聚古洛糖醛酸(polyG)、多聚甘露糖醛酸(polyM)均有活性，能将海藻酸钠彻底降解，产生褐藻二糖、褐藻三糖、褐藻四糖等褐藻寡糖。该酶表现出较强嗜碱性，对高pH具有一定耐受力，具备一定工业应用的潜质，可广泛应用于农业、食品、饲料添加、医药等领域。