本发明提供一种从海洋真菌发酵液中提取纯化去乙酰真菌环氧乙酯的方法，包括以下步骤：(1)发酵液加热酸化处理；(2)酸化液板框过滤(3)有机溶剂对滤液进行萃取，收集有机相；(4)有机相经过碱洗，水洗操作；(5)碱洗有机相进入外循环蒸发器减压浓缩，得粗提物；(6)将粗提物上反相柱层析；(7)有机溶剂对反相柱进行梯度洗脱，薄层色谱跟踪检测，收集DAM洗脱液；(8)洗脱液旋蒸至干，进行粗结晶；(9)再结晶；(10)20目制粒干燥；(11)100目制粒干燥；(12)过筛；(13)包装入库。该方法对海洋真菌粘稠的DAM发酵液有效地进行了菌液分离，便于后段工序处理，提高收率，降低生产成本，适用于工业化生产。