本发明公开了一种抗菌妇科组合物、凝胶及其制备方法，包括以下重量份的组分：蕲艾提取液2‑5份，蛇床子4‑10份，苦参4‑10份，红花3‑7份。本发明的抗菌妇科凝胶，包括辅料和所述的组合物，所述辅料包括凝胶基质、乳化剂、保湿剂和酸度调节剂。本发明的抗菌妇科组合物，以蕲艾提取液作为君药，对大部分革兰氏阴性菌和革兰氏阳性菌都用抑制作用，保证了药物抑菌性能；以苦参、蛇床子为臣药，辅助治疗妇科炎症并发症，提高药效，加快痊愈，既可以有效杀灭病菌、止痒杀虫，还能维护阴道酸碱平衡、清热除湿、散结消肿；以红花为佐药，红花对治疗阴虚血亏，痛经、月经排出不畅等症状具有很好的疗效。